Avec la réforme territoriale, la création des 13 nouvelles régions en métropole et la réorganisation des services de l’État dans les territoires, mais également l’adoption de la loi Biodiversité et la création de l’Agence française pour la biodiversité (AFB), la gouvernance de l’eau évolue. Ainsi, la composition en métropole des comités de bassin, instances qui définissent les priorités de la politique de l’eau à l’échelle du bassin versant en réunissant les acteurs socioprofessionnels, les élus, les services de l’État, etc., s’adapte à cette nouvelle donne. La représentation de l’État et de ses établissements publics au sein de ces instances est désormais calquée sur la nouvelle carte territoriale. C’est également le cas des conseils d’administration des agences de l’eau. Autre évolution pour ces derniers : désormais, l’Agence française pour la biodiversité y est représentée. Parallèlement, dans les 5 départements ultramarins de Guyane, Martinique, Guadeloupe, la Réunion et Mayotte, les comités de bassin évoluent vers des comités de l’eau et de la biodiversité qui assurent également les missions dévolues, en métropole, aux comités régionaux de la biodiversité.
Décret n°2017-580 du 20 avril 2017 fixant la liste des représentants de l'État et de ses établissements publics aux comités de bassin
Décret n° 2017-581 du 20 avril 2017 fixant la liste des représentants de l'État et de ses établissements publics aux conseils d'administration des agences de l'eau
Arrêté du 14 avril 2017 relatif à la représentation des collectivités territoriales, des diverses catégories d'usagers, des personnes qualifiées et de l'administration de l'Etat aux comités de l'eau et de la biodiversité et à leur siège en application des articles R. 213-50 et R. 213-51 du code de l'environnement